Candidatus

Dans la nomenclature procaryote , Candidatus (latin pour candidat à la fonction romaine, du nom de la robe blanche portée par les sénateurs romains) est un composant du nom taxonomique d'une bactérie ou d'un autre procaryote, qui ne peut pas être conservé dans une collection de cultures microbiologiques . Il s'agit d'un statut taxinomique provisoire pour les micro - organismes non encore cultivés . Un exemple serait " Candidatus Phytoplasma allocasuarinae ". Cela peut être abrégé en " Ca. Phytoplasma allocasuarinae".  Candidat le statut peut être utilisé lorsqu'une espèce ou un genre est bien caractérisé mais pas encore cultivé. Avec la technologie actuelle, beaucoup d'informations sont obtenues par l' ARN ribosomal 16S ou même par des génomes presque complets avec des techniques de métagénomique modernes.

Histoire

Pour une publication valide d'une espèce, les bactéries doivent être isolées, cultivées, décrites et déposées dans une collection de cultures bactériologiques. Cependant, certaines bactéries nécessitent des conditions de culture spéciales et ne peuvent pas être conservées dans de telles collections. Ceux-ci incluent obligatoirement les agents pathogènes intracellulaires et les endosymbiotes, les symbiotes d'insectes et les populations des océans ou des boues. En 1994, Murray et Schleifer ont publié une note taxonomique dans laquelle ils recommandaient que la nouvelle catégorie de rang indéfini ( Candidatus ) soit établie pour certains taxons putatifs qui ne pouvaient pas être décrits de manière suffisamment détaillée pour justifier l'établissement d'un nouveau taxon . Il a également été recommandé qu'un Candidatus liste devrait être établie dans le Journal international de bactériologie systématique - IJSB (maintenant International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology ).

La note taxinomique proposant l'établissement du statut provisoire Candidatus pour les procaryotes incomplètement décrits a été publiée dans le numéro de janvier 1995 de l'IJSB.  Selon cette note, la catégorie Candidatus devrait être utilisée pour décrire les entités procaryotes pour lesquelles plus qu'une séquence d' ADN est disponible mais pour lesquelles les caractéristiques requises pour la description selon le Code bactériologique font défaut. Outre les informations génomiques telles que les séquences, toutes les informations, y compris les caractéristiques structurelles, métaboliques et reproductives, doivent être incluses dans la description.

Les bactéries cultivables nouvellement proposées doivent être déposées dans au moins deux collections de cultures accessibles au public dans différents pays.

Usage

Selon le "Comité ad hoc pour la réévaluation de la définition de l'espèce en bactériologie ", les microbiologistes sont encouragés à utiliser le concept Candidatus pour des organismes bien caractérisés mais non encore cultivés.

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